W szkole działa Szkolne Koło Ligii Ochrony Przyrody realizujące tematykę przyrodniczą i ekologiczną, które nawiązało współpracę z Szkolnym Kołem LOP działającym przy szkole podstawowej nr 2 w Krynicy-Zdroju. W ramach współpracy razem obchodzą Dzień Świętego Franciszka, zorganizowali akademię z okazji Światowego Tygodnia Zwierząt, razem pomagają zwierzętom ze schroniska w Nowym Targu.

Współpracują z Leśnym Zakładem Doświadczalnym Akademii Rolniczej w Krakowie, od którego otrzymują karmę dla ptaków by, co roku w zimie pomagać skrzydlatym przyjaciołom przetrwać najtrudniejszy dla nich okres.

Zagadnienia traktowane priorytetowo w roku szkolnym 2006/2007:
1. Działania w celu prawidłowej gospodarki odpadami - edukacja i zbiórka odpadów
W 2005 r. szkołą podjęła współpracę z firmami REBA i SURPAP zajmującymi się zbiórką i zagospodarowaniem posegregowanych odpadów (baterii, szkła, papieru, plastiku, puszek aluminiowych). Nauczyciele ze szkoły przeprowadzili akcję szkoleniową nt. potrzeby segregowania odpadów i korzyści z ponownego ich przetworzenia zgodnie ze scenariuszem „Mniej odpadów to czyste środowisko". W wyniku tych działań wzrosła świadomość ekologiczna uczniów, co pomogło realizować w ich gospodarstwach domowych wdrażany przez samorząd program selektywnej zbiórki odpadów. Na terenie szkoły znajduje się punkt odbioru baterii a w niedługim czasie umieszczone zostaną pojemniki do selektywnej zbiórki odpadów.
2. Zagospodarowywanie otoczenia szkoły
Pod nadzorem leśniczych z Urzędu Miasta i Leśnego Zakładu Doświadczalnego dokonana została inwentaryzacja zieleni wokół szkoły. Wytypowano drzewa i krzewy do wycięcia lub pielęgnacji korony w celu poprawienia estetyki i bezpieczeństwa uczniów i nauczycieli. Obecnie wykonano pielęgnację zieleni a, w jesieni, po uzyskaniu niezbędnych decyzji wykonana zostanie wycinka chorych i zagrażających bezpieczeństwu drzew. Sukcesywnie teren wokół szkoły wzbogacany jest o kolejne nasadzenia drzew tworząc w ten sposób przyrodniczą bazę dydaktyczną. Docelowo na terenie szkolnym powstanie ścieżka edukacyjno-przyrodnicza z tabliczkami zawierającymi opis i zdjęcie poszczególnych gatunków roślin i urządzeń w ramach poszczególnych stacji ścieżki. Projekt ścieżki jest już gotowy i zostanie zakończony w bieżącym roku szkolnym.
3. Angażowanie społeczności lokalnej, instytucji i władz lokalnych w celu realizacji projektów środowiskowych
Szkoła wzięła pod opiekę Park Słowiński położony 50 metrów od szkoły. Jest to jeden z najstarszych parków w mieście. Opracowali plan rewitalizacji północnej części parku i od 3 lat wdrażają go w życie etapowo. W 2005 r. przy wsparciu Funduszu Partnerstwa w ramach programu dotacyjnego „Fundusz Kropli Beskidu" zrealizowali projekt pt. „Zagospodarowanie młaki w Parku Słowińskim w Krynicy-Zdroju". W kolejnym roku rozpoczęli realizację kolejnego projektu dofinansowanego z tego samego źródła pt. „Udostępnienie zachodniego brzegu potoku Kryniczanka w Parku Słotwińskim". Burmistrz Krynicy-Zdroju zakupił nowoczesny plac zabaw w miejscu zdewastowanego, przez co Park Słowiński stał się bardzo atrakcyjnym miejscem do rekreacji. W wyniku realizacji pierwszego projektu udało wygospodarować się teren, na którym urządzili boisko trawiaste. Przy realizacji projektów udało się zaangażować wiele instytucji i osób prywatnych: władze samorządowych - Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej, Leśny Zakład Doświadczalny, Ligę Ochrony Przyrody, Polski Klub Ekologiczny, mieszkańców, rodziców, nauczycieli i uczniów. Opiekują się Parkiem Słotwińskim, dbają o czystość i porządek. Prowadzą kronikę wizytacji terenowych i organizowanych akcji związanych z opieką nad parkiem, fotografują i opisują faunę i florę parku ze szczególnym uwzględnieniem oczka wodnego i młaki. Dodatkowo prowadzone są badania wody w potoku Kryniczanka.

W ramach rewitalizacji pozostały do wykonania jeszcze 2 główne zadania - zagospodarowanie zachodniego brzegu potoku Kryniczanka i ścieżka edukacyjno-przyrodnicza. Projekty są w pełni opracowane i przygotowane do realizacji. Obecnie starają się o wsparcie finansowe, aby móc rozpocząć prace.